Un grupo de esforzados paladines ha derrotado a los guerreros del mal procedentes del mundo exterior, en el torneo a vida o muerte llamado Mortal Kombat, salvando a la Tierra de la destrucción durante una generación más. Pero cuando los vencedores están todavía regocijándose por su triunfadora victoria, las puertas que llevan al mundo exterior se hacen pedazos y una figura gigantesca, con el rostro de la muerte, declara que la batalla no ha hecho más que empezar. Shao-Khan, el temible emperador del mundo exterior, no sólo ha roto las sagradas reglas del Mortal Kombat, sino que esta vez viene en persona, al frente de sus escuadrones de exterminio, a conquistar y eliminar cualquier cosa que se interponga en su camino. Ni siquiera los omnipresentes dioses mayores pueden detenerlo, y los Guerreros dependen más que nunca de su propio valor e iniciativa para frenar el terrible y destructor sacrificio, luchando contra unos enemigos más poderosos que ninguno de los que se han encontrado jamás.