1964, una escuela católica en el Bronx. La hermana James, profesora del colegio, es testigo de un comportamiento inusual en uno de sus alumnos. A raíz de esto, la hermana Aloysius, directora del centro, comienza a sospechar que el padre Flynn, sacerdote de la parroquia, puede estar abusando sexualmente de uno de los niños, aunque él niegue las acusaciones.