Un joven llamado Raffi (David Alpay) vuelve a Canadá con latas de película de 35 mm, algunas videocasetes digitales y un secreto. Durante el control aduanero, el funcionario, David (Christopher Plummer), siente curiosidad por descubrir lo que esconde Raffi, el cual declara que sólo lleva material extra para una película que se está rodando en Toronto. Pero David sospecha que miente y el interrogatorio se convierte en un auténtico examen psicológico que revela fragmentos de sus respectivas historias personales.
ARARAT entrelaza las historias de dos familias, con conflictos interiores sin resolver. Raffi, de origen armenio, lucha con el recuerdo de su padre y con las reacciones opuestas que dicho recuerdo suscita en su madre, Ani (Arsinée Khanjian), obsesionada por un pasado que niega, y en su hermanastra, Celia (Marie-Josée Croze), que culpa a Ani por la muerte de su padre. Por su parte, David intenta entender y aceptar la relación que su hijo Philip (Brent Carter) tiene con un actor de origen turco, Alí (Elias Koteas), al tiempo que intenta establecer una sólida relación con su nieto, Tony, el hijo de Philip.